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Mit Fluoreszenzfarbstoffen markierte Antikörper lassen sich u. a. zum Nachweis viraler Antigene in Zellpräparationen (z.B. Zellen aus Nasentupfern) oder Zellkulturen einsetzen. Der Nachweis erfolgt dabei entweder direkt (der antivirale Antikörper ist fluorochrommarkiert) oder indirekt (die Bindung eines definierten nicht markierten antiviralen Antikörpers wird mittels eines markierten Sekundärantikörpers (anti-Antikörper-Konjugat) nachgewiesen). In beiden Fällen zeigt das Vorhandensein eines Fluoreszenzsignals die Anwesenheit des gesuchten viralen Erregers an.
Die indirekte Immunfluoreszenz kann auch für den Nachweis von Antikörpern gegen Virusantigene aus Patientenseren eingesetzt werden. Dabei werden mit einem bekannten Virusisolat infizierte Testzellen mit dem fraglichen Serum inkubiert und die Bindung von Antikörpern aus dem Serum mittels eines fluorochrommarkierten Sekundärantikörpers detektiert. Die indirekte Immunfluoreszenz findet u. a. beim Nachweis von Antikörpern gegen das feline Coronavirus (FCoV, u.a. Erreger der felinen infektiösen Peritonitis (FIP)) und gegen das Virus der Bornaschen Krankheit (BDV) Anwendung.
Vorteile: schnelles Verfahren mit hoher Sensitivität.
Nachteile: hoher apparativer Aufwand, unspezifische Reaktionen möglich (abhängig vom Untersuchungsmaterial und der Qualität der Antikörper).
